宮崎県生まれ。本名、杉田秀夫。

1925年14歳で上京し、日本美術学校（現・日本美術専門学校）洋画科、オリエンタル写真学校などで学び、10代の頃から美術評論を寄稿し一定の評価を得るようになる。
1936年「瑛九」名で最初のフォトデッサン作品集『眠りの理由』刊行。1937年自由美術家協会の創立に参加するも翌年退会。1951年にはデモクラート美術家協会結成に参加（1957年解散）。

現代美術の先駆者として幅広い抽象表現を展開した。